(１) 改善命令
排出事業者、処理業者が保管基準及び処理基準に適合しない廃棄物の保管、処理を行った場合、都道府県知事等は、廃棄物の適正処理を確保するため処理方法の変更、その他必要な措置を講じるよう命ずることができます（法第19条の３）。
改善命令の対象は、処理基準が適用される者に限られます。
改善命令は期限が定められており、期限内に措置を講じない場合には、処罰の対象となります。
(２) 措置命令
保管基準、処理基準に適合しない廃棄物の処理（不法投棄など）が行われた場合で、生活環境の保全上支障が生じ、または生じるおそれがある場合に、都道府県知事等はその支障の除去、発生の防止のために必要な措置を講じることを命じることができます（法第19条の５）。
措置命令の対象は、基本的には保管基準、処理基準に適合しない廃棄物の保管、処分を行った者、不法投棄の場合は不法投棄の実施者、不適正な委託により不法投棄等が行われた場合は委託者、マニフェストに関する義務に違反した者などが対象となります。
また、排出事業者責任の観点から、上記措置命令の対象者に資力等がなく支障の除去が困難であり、適正な処理料金を負担していないとき、処理状況の確認を怠ったとき等は、排出事業者等であっても措置命令の対象となる場合があります（法第19条の６）。
措置命令に違反した場合には、処罰の対象となります。
委託した産業廃棄物が不適正処理された場合に、措置命令により、排出事業者がその責任を問われることもあります。
したがって、排出事業者は、信頼できる処理業者に産業廃棄物の処理を委託するとともに、委託基準やマニフェストに係る義務を遵守することにより、不適正処理の未然防止に努める必要があります。