JWNETの具体的な運用方法は次の4つのケースに分かれています。
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1次マニフェスト、2次マニフェストともに電子マニフェストを利用する場合
1次マニフェストのみ電子マニフェストを利用する場合
2次マニフェストのみ電子マニフェストを利用する場合
2次マニフェストが発生しない場合（1次マニフェストで最終処分となる場合）
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◎中間処理業者が電子マニフェストを利用する場合は運用ケースによって利用機能区分を選択してご加入ください。
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＜中間処理業者加入時の利用機能区分の選択について＞
運用ケース1：処分業者（報告・2次登録）として加入します。
運用ケース2：処分業者（報告のみ）として加入します。
運用ケース3：処分業者（2次登録のみ）として加入します。
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＜最終処分業者加入時の利用機能区分の選択について＞
処分業者（報告のみ）として加入します。